微生物菌肥，顾名思义，主要是以微生物的生命活动为核心，使农作物获得特定的肥料效应的一类肥料制品。其效用重点在于微生物，所以肥料效果均围绕微生物的生命活动进行。

微生物促进植物生长效果主要原因有以下几点：

一、固氮

根据微生物固氮方式可分为，自生固氮菌、共生固氮菌和联合固氮菌。自生固氮菌主要是通过微生物自身作用，吸收空气中氮气，将之转化为能够被植物吸收利用的离子态氮素，从而达到为植物补充氮养分的效果。共生固氮菌主要是与植物根系等部位结合，形成根瘤从而起到将惰性氮气转化为离子态氮素，供植物吸收的作用。联合固氮菌既能够与植物结合固氮，也能自生固氮，但此类菌与植物结合后也可能会与植物体之间产生拮抗作用，阻碍植物生长。

二、解养

某些微生物在正常生长活动中，会产生分泌物，分泌物能够将土壤中难溶的矿质养分分解，形成易溶于水的离子态养分，从而达到为作物补充营养的效果。此类微生物主要是解磷细菌、解钾细菌等。其中解磷细菌的溶磷作用是中低肥力土壤上促进植物生长最重要的机制之一。

三、提高植物抗逆性

一些微生物能够与植物根系形成联合体，利于提高植物在不良环境下的抵抗能力。微生物与植物根系形成的联合一般称为菌根，主要分外生菌根和内生菌根，菌根的形成有利于提高植物根系吸收面积，增加植物对养分的吸收率。有的菌根形成后能分泌生长素、有益分泌物等，改善根际环境，促进植物生长。

四、减少土壤毒性

土壤微生物能够有效降解有机、无机污染物，减轻污染物对植物的毒害，改良土壤生态环境。

五、分解有机质

土壤有机质的分解均有微生物的参与，微生物能够有效分解有机质，形成腐殖酸，促进植物发育。由于腐殖酸含有大量的官能团，能有效改良土壤，防治土壤障碍，刺激作物生长。因此微生物肥料配合有机肥施用，效果更佳。

六、刺激植物生长

土壤微生物在生命周期活动中，能够产生一些次生代谢物，对植物的生长发育有刺激作用。例如在植物生长过程中，根际微生物能够分泌生长素、赤霉素或激动素类物质，能有效促进植物的生长。

七、减少病原菌侵害

根际微生物在植物根系周围能够形成一个物理屏障，能有效保护植物根系，减少病原菌和虫害入侵，为作物的生长提供一个健康的环境。

微生物菌肥则是根据土壤有益微生物的性质，有选择性的培养单一或者联合有益菌种，采用特殊工艺手法，在保障微生物活性的情况下制成肥料，用于提高土壤微生物活性，增加土壤养分，改善作物生长环境，从而达到促进作物生长的目的。